西暦2201年――この時代、人類は宇宙へと進出し ていた。しかし、栄光の影では貧富の差が広まり、 惑星を股にかけた巨大犯罪が多発した。冷凍保存 されていたリュウは、高機動小隊の隊長ジョディの 命令により、そんな混沌とした時代に目覚めさせら れた。しかし自由はなかった……。
リュウは強制的に高機動小隊に入隊させられ、F- Zero マシンのパイロットにさせられてしまったのだ。 高機動小隊とは、宇宙社会で熱狂的に支持されて いるレース「F-Zero グランプリ」に秘密に参加し、 賞金目当てに集まる悪党たちを摘発する警察組織 である。150年前に取り逃がしてしまった凶悪犯が、 この時代に復活していることを知ったリュウは、犯 人を捕まえるために再びステアリングを握ることを 決心する。

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